Docenten staan met z'n drieën of meer voor een groep, die navenant drie of meer keer groter is dan een reguliere klas. De leerkrachten zijn met z'n drieën tegelijk aan het werk. Dat betekent dat het klassikaal toespreken van de hele groep niet meer voor de hand liggend is. Docenten lopen rond en helpen groepjes leerlingen.

Leraren vervullen in het Natuurlijk leren twee rollen: het begeleiden/coachen van de leerlingen en het geven van workshops en trainingen: gespecialiseerde instructie.

Sturend voor het leerproces zijn niet de vakmethodes, maar het niveau en de keuze van de leerling. Leerkrachten en de grote groep leerlingen zijn dus steeds minimaal een paar momenten per dag gezamenlijk aan het werk.

Leerlingen werken o.a. aan prestaties, betekenisvolle en concrete opdrachten met een echte opdrachtgever, waar leerlingen uit kunnen kiezen. Het eindresultaat doet er dus toe. Prestaties zijn het hart van Natuurlijk leren.

Om de zoveel weken is er een week van reflectie: terugkijken op wat de leerling heeft gedaan en wat het resultaat is. Leerlingen presenteren dit ook vaak aan elkaar.